母公司为子公司代发工资是集团内人力资源管理的常见现象，但若处理不当会带来显著的税务风险。核心原则应遵循实质重于形式。子公司是真正的用工单位和成本承担者，母公司只是“代发”服务的提供方，所有财税处理都必须围绕这一实质展开。

一、企业所得税关注的核心问题是，子公司能否在所得税前扣除这笔工资成本？母公司是否在企业所得税方面应视同销售？

若具备以下条件，子公司方可税前扣除①子公司与员工签订正式的《劳动合同》；②子公司的财务账务上清晰计提并记录了该笔工资成本；③子公司需要持有完整的内部凭证作为扣除依据，包括：母公司与子公司签订的《代发工资服务协议》；母公司向子公司开具的收款凭证，收据或内部结算单；由子公司制作、母公司确认的工资计算表、工资发放清单；母公司代发工资的银行付款记录复印件。只要凭证链完整、业务真实，税务机关通常会认可子公司的工资费用扣除。

在企业所得税方面，若集团内母公司向子公司提供的无偿服务，未直接或者间接导致国家总体税收收入的减少，通常在实践中不被视同销售缴纳企业所得税。

二、由子公司作为个人所得税的法定扣缴义务人，是因为员工是与子公司建立的劳动关系。个税的申报主体、工资薪金所得的发生地（子公司所在地）必须保持一致，避免在母公司所在地产生不必要的税务关联。

三、母公司提供代发工资服务是否属于增值税应税行为？是否需要向子公司开具发票？

通常情况下，母公司代发工资如果不收取服务费，属于集团内无偿提供服务。现行增值税规定（2026年1月1日前）单位或个体工商户向其他单位或个人无偿提供服务，除用于公益事业或以社会公众为对象外，需视同销售服务缴纳增值税。例如，集团内母公司为子公司无偿提供管理咨询、技术支持等服务事项，需按视同销售处理，以市场价格或税务机关核定价格为销售额计算增值税。2026年1月1日后《增值税法》实施后删除了无偿提供服务视同应税交易的规定，原则上无偿提供服务不再视同销售缴纳增值税。但需注意，若无偿提供服务被税务机关认定为“销售额明显偏低且无正当理由”，可能被核定销售额征收增值税，但这种情况需结合具体商业合理性判断。最稳妥的做法是，母公司与子公司签订协议时，可以约定收取一定的服务费，然后母公司向子公司开具“企业管理服务”或“代发工资服务”的增值税发票。这样就从形式和实质上完成了合规链条，避免了视同销售的争议。

四、关键合规建议与风险防范

1.签订书面协议是基石。必须签订一份规范的《代发工资/人力资源服务协议》。明确双方权利义务、明确用工关系和成本承担主体为子公司、明确代发性质、约定服务费、约定相关票据和资料的传递方式。

2.完善内部凭证链。建立清晰的内部结算流程。每月代发工资前，子公司应向母公司提供经审批的《工资发放明细表》 作为发放依据。代发完成后，母公司应向子公司提供《代发工资结算单》及相关银行付款凭证复印件，作为子公司的入账凭证。

3.明确个人所得税扣缴主体。以子公司的名义进行个税申报，这是避免税务风险最有效的一环。

4.避免资金往来混乱。母公司垫付的工资款，子公司应及时归还，避免长期挂账。长期大额往来款可能引发税务机关对资本弱化、无偿融资等问题的关注。

5.保持“四流合一”。合同流，协议证明业务实质；资金流，母公司付款给员工，子公司还款给母公司；发票流/凭证流，内部结算单或服务发票。信息流，工资明细、个税申报信息等保持一致。确保这“四流”清晰、统一，并能相互印证。

母公司为子公司代发工资，财税处理上必须坚守“谁用工，谁承担成本”的原则。通过签订书面协议、完善内部凭证、规范个税申报、理清资金往来这四步，可以构建一个合规的框架。做好会计上的往来款处理，并在税务上确保工资成本在子公司得以顺利税前扣除。对于不确定的事项，尤其是增值税和个税申报细节，咨询专业税务顾问或当地税务机关总是明智的选择。

来源：税见公众号